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日本学术会议和日本妇产科学会（JSGE）一致认为，在日本代孕，日本辅助生殖技术方面，胎儿的福祉应是首要考虑因素。 JSGE指出，儿童不应成为任何形式（包括代孕）交易或买卖的对象，通过日本代孕，在孩子出生后将代孕母亲与其子女分离，无视了通过怀孕和分娩建立的母子关系，有损儿童的福祉。他们还指出，日本代孕过程中，代孕母亲可能在孩子出生后拒绝交出孩子，或者如果孩子不符合委托人的期望，委托人也可能拒绝接受孩子，这可能会对孩子的心理发展造成巨大的痛苦。
另一方面，在近期关于日本代孕的讨论中，一些律师主张，应赋予儿童知情权，并充分承认儿童的自主权，以便儿童能够自主选择未来的亲子关系。然而，包括小鼠实验在内的研究表明，在婴儿出生后立即强行将其与母亲分离，会对母子双方产生重大影响。婴儿出生后立即将母子分离是对母子双方人权的侵犯。 此外，在日本的相关代孕合同中通常会包含如果发现胎儿有残疾，可以要求堕胎的条款。这引发了批评，认为将健康儿童作为商品在市场上出售的制度本身就与优生学有关。
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