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激素疗法可能导致女性出现过度刺激综合征。例如，这表现为下腹部疼痛、雌激素水平升高和卵巢增大。在罕见的严重病例中，它还可能导致体液失衡，可能需要住院治疗。这种并发症可能危及生命，但现在可以通过谨慎适当的刺激在很大程度上避免。 在激素治疗期间以及怀孕期间，血栓形成的风险会增加。 即使只将一个胚胎移植回子宫，同卵双胞胎的风险也比自然妊娠略高。流产和宫外孕的发生率可能比自然妊娠更高。移植两个或多个胚胎（不建议这样做）会显著增加多胞胎的风险。
穿刺很少会导致感染或膀胱、肠道或血管损伤。 在采集睾丸精子时，活检可能会导致出血和感染。 除了身体上的不适，治疗还会给夫妻双方带来巨大的心理压力。如果治疗时间较长，并且生活的大部分时间都围绕着医生的检查或体检进行，那么压力就更大了。不仅是想要孩子的愿望，治疗本身也会给夫妻双方带来相当大的压力。这种压力会给夫妻关系带来压力，包括在性方面。通常情况下，夫妻双方对这种压力的反应和处理方式不同，因此对支持的需求也不同。因此，我们随时提供心理支持，夫妻双方可以共同接受，也可以单独接受。 精子、卵子或胚胎的混淆已经发生。最好的安全保障是电子识别系统（见证系统）。 先天畸形的风险通常约为2-3%，在接受试管婴儿治疗后，风险可能会略有增加。目前尚不清楚这是由于治疗本身还是潜在的生育障碍所致。 罕见的（约 1/10,000 个新生儿）表观遗传学综合征在试管婴儿 治疗后似乎更为常见。伯尔尼的一项研究也表明，试管婴儿治疗后出生的年轻人比自然受孕出生的年轻人血压更高。这也可能是表观遗传学现象。目前尚不清楚这些现象是否真正由试管婴儿手术 治疗引起，如果是，那么是由激素预处理、操作还是培养引起的。 试管婴儿（IVF）后的流产风险与自然受孕相似，但与年龄有很大关系。20多岁女性的流产率约为15%，而40岁以上女性的流产率则约为50%甚至更高。 胚胎移植到子宫后也可能发生异位妊娠。
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